Государственные природные заповедники в соответствии с Федеральным законом «Об особо охраняемых природных территориях» являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями, имеющими целью сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем. Заповедники являются одним из типов особо охраняемых природных территорий (ООПТ).
По состоянию на конец 2013 года на территории России действовало 103 государственных природных заповедника, суммарная площадь территории которых составляет 27,38 млн га (без акваторий). В 2014 году учрежден государственный природный заповедник «Шайтан-Тау». В результате вхождения Крыма в состав России количество заповедников увеличилось на 6, таким образом на конец 2014 года в России 109 заповедников[источник не указан 555 дней]. Ниже представлен список действующих государственных природных заповедников на территории Российской Федерации. Зелёным цветом в таблице выделены биосферные заповедники — заповедники, которые входят в международную систему биосферных резерватов, осуществляющих глобальный экологический мониторинг.
Первый заповедник на территории России — Баргузинский заповедник — был основан 11 января 1916 года на территории Бурятии. В дальнейшем список охраняемых территорий расширился. Старейшими заповедниками, помимо Баргузинского, являются Астраханский (1919), Ильменский (1920) и Кавказский (1924). Крупнейшими из российских заповедников являются Большой Арктический (более 41 тыс. км²), Командорский (более 36 тыс. км²) и Остров Врангеля (более 22 тыс. км²). Самыми небольшими заповедниками в России являются Белогорье (более 21 км²) и Приокско-Террасный и Галичья Гора (оба менее 50 км²). Больше всего заповедников (по количеству) находится на территории Красноярского, Приморского и Хабаровского краёв.
Большинство заповедников находятся в подчинении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации, однако некоторые относятся к ведению Российской академии наук (РАН) и других министерств: Дальневосточный морской (Институт биологии моря ДВО РАН), Кедровая Падь и Уссурийский (Биолого-почвенный институт ДВО РАН), Ильменский (УрО РАН), Галичья Гора (Воронежский государственный университет Министерства образования и науки Российской Федерации) и Восточно-Уральский (ПО «Маяк» Федерального агентства по атомной энергии).